Pondok pesantren ini mulai didirikan dan dipimpin oleh Kiai Haji Bunyamin Syarif pada 2 Februari 1982. Selain diajari ilmu agama, para santri juga mendapatkan pendidikan formal yang setara. Secara formal Pondok Pesantren Tarbiyatul Huda mengelola jenjang pendidikan mulai dari tingkat dasar hingga menengah.