Selain persiapan pengamanan yang dilakukan oleh pasukan gabungan TNI-Polri, Gereja Katedral juga melakukan persiapan khusus untuk menyambut kedatangan Paus Fransiskus. Persiapan ini berupa pemasangan papan "Selamat Datang" berhiaskan wajah Paus Fransiskus dan juga pembaruan cat ruangan dan memastikan sejumlah alat pendukung tetap berfungsi dengan baik.