Menkopolhukam Mahfud MD menyatakan ada unsur pidana dalam kasus Pondok Pesantren Al-Zaytun. Atas temuan ini, Mahfud mengatakan kasus Ponpes Al Zaytun akan segera ditangani Polri
Meski demikian Pondok Pesantren Al-Zaytun masih diperbolehkan melakukan pendaftaran penerimaan anak didik selama penanganan kasus berlangsung.